Un ex-marine con un forte senso del dovere, il Vice Direttore Walter Skinner qualche volta mal sopporta i metodi di indagine non ortodossi di Mulder. Più di una volta ha avvertito Mulder e Scully che le loro indagini stavano andando in una direzione pericolosa. È stato costretto a chiudere gli X-Files, ma decise di riaprili con un atto di forza e autorità.
Skinner sembra essere intrappolato tra due fronti: gli agenti Mulder e Scully da un lato e l'Uomo che Fuma dall'altro. Le frequenti visite di quest'ultimo ritraggono Skinner come un ulteriore pedina del Consorzio, ma i suoi sforzi per aiutare Mulder e Scully "attraverso canali non ufficiali" mostra chiaramente il suo interesse per i due agenti ed il loro lavoro. Ciò nonostante, Krycek dimostra che il Vice Direttore non potrà mai liberarsi dalla morsa del loro potere. L'ex-agente possiede infatti una console che può incrementare il numero dei meccanismi nanotecnologici presenti nel sangue di Skinner.
Mai convinto fino in fondo dalle teorie aliene di Mulder, Skinner rimane attonito nel vedere un lampo di luce attraversare il cielo ed assiste alla sparizione di Mulder in #7X22 Requiem. È pieno di commozione quando racconta ciò che è accaduto a Scully. "Mi chiederanno che cosa ho visto" dice. "Non posso più negare quello che ho visto. Non posso."
#1X20 Tooms - Creatura diabolica
#2X02 The Host - L'ospite in corpo
#2X04 Sleepless - Insonnia
#2X06 Ascension - Lo scambio
#2X08 One Breath - L'ultimo respiro
#2X16 Colony - L'invasione dei cloni
#2X17 End Game - L'ultimo alieno
#2X22 F. Emasculata - L'insetto assassino
#2X25 Anasazi - Il file da non aprire (1/3)
#3X02 Paper Clip - Il file da non aprire (3/3)
#3X09 Nisei - Autopsia di un alieno (1/2)
#3X14 Grotesque - Il volto del maligno
#3X15 Piper Maru - L'ufo degli abissi (1/2)
#3X16 Apocrypha - L'ufo degli abissi (2/2)
#3X17 Pusher - Il persuasore
#3X21 Avatar - Visite in sogno
#3X23 Wetwired - Messaggi occulti
#3X24 Talitha Cumi - Il guaritore (1/2)
#4X04 Teliko - Spiriti albini
#4X05 The field where I died - Vite precedenti
#4X08 Paper hearts - Cuori di carta
#4X09 Tunguska
#4X10 Terma
#4X11 El mundo gira - Enzima mortale
#4X15 Memento Mori
#4X16 Unrequited - Ufficialmente morti
#4X17 Tempus fugit - Tempus fugit (1/2)
#4X18 Max - Tempus fugit (2/2)
#4X20 Small potatoes - Anomalie genetiche
#4X21 Zero sum - Somma zero
#5X08 Kitsunegari - L'ideogramma Kitsunegari
#5X12 Bad blood - Vampiri
#5X14 The Red and the Black - Il Rosso e il Nero
#5X18 The Pine Bluff Variant - Il contagio
#5X19 Folie à deux - Follia a due
#5X20 The end - La fine
#6X02 Drive - La corsa
#6X03 Triangle - Triangolo
#6X04 Dreamland - Area 51 (1/2)
#6X05 Dreamland II - Area 51 (2/2)
#6X10 S.R. 819
#6X12 One Son - Un Figlio
#6X15 Monday - Lunedì
#6X22 Biogenesis
#7X02 The Sixth Extinction: Amor Fati - La sesta estinzione II
#7X04 Millennium
#7X10 Sein Und Zeit - L'esistenza del tempo I
#7X11 Closure - L'esistenza del tempo II
#7X15 En Ami - Un amico
#7X16 Chimera
#7X18 Brand X
#7X19 Hollywood A.D.
#7X21 Je Souhaite - Il terzo desiderio
#7X22 Requiem
#8X02 Without - Partire
#8X07 Via Negativa
#8X11 The Gift - Il dono
#8X13 Per Manum
#8X14 This is Not Happening - Questo non accade
#8X15 DeadAlive - Sopravvissuti
#8X16 Three Words - Tre Parole
#8X18 Vienen - Virus
#8X19 Alone - Soli
#8X20 Essence - Essere
#8X21 Existence - Esistere
#9X02 Nothing Important Happened Today II - Niente da segnalare II
#9X04 4-D
#9X07 John Doe
#9X09 Provenance
#9X10 Providence
#9X15 Jump the Shark - Modifica genetica
#9X16 William
#9X18 Sunshine Days
#9X19 The Truth - La verità
#9X20 The Truth II - La verità II
#10X03 Mulder and Scully Meet the Were-Monster - La lucertola mannara
#10X04 Babylon - Babilonia
#10X05 Founder's Mutation - Evoluzione della specie
#10X06 My Struggle II - Ossessione
#11X10 My Struggle IV - Il figlio perduto
X-FILES I PERSONAGGI
- Fox Mulder
- Dana Scully
- John Doggett
- Monica Reyes
- Walter Skinner
- Uomo che Fuma
- Alex Krycek
- Lone Gunmen
- Brad Follmer
- Cassandra Spender
- Marita Covarrubias
- Mr. X
- Gola Profonda
- Uomo Distinto
- Alvin Kersh
- Senatore Matheson
- Jeffrey Spender
- Diana Fowley
- Micheal Kritschgau
- Samantha Mulder
- Bill Mulder
- Teena Mulder
- Melissa Scully
- William Scully
- Margaret Scully
- William / Jackson Van De Kamp