Poco prima della fine della nona stagione della serie, la Fox manifesta a Chris Carter e a Frank Spotnitz la volontà di produrre un secondo capitolo cinematografico tratto da X-Files. I due autori iniziano quindi a lavorare ad una nuova storia, ma proprio mentre si stavano negoziando i vari accordi per la produzione del film, Chris Carter si trova a dover intraprendere una causa legale contro la Fox per una disputa derivante dagli introiti sui diritti della serie tv. In modo molto prevedibile e come diretta conseguenza, i lavori sulla nuova sceneggiatura si fermano e tutto viene bloccato.

La causa tra Chris Carter e la Fox procede lentamente e nel frattempo David Duchovny e Gillian Anderson si impegnano nelle loro rispettive carriere. Il compito che aspetta entrambi in questo periodo è quello di trovare la propria strada, lontano da quei personaggi che loro stessi hanno contribuito a creare e a portare al successo, e con i quali vengono ormai identificati universalmente.

Gillian Anderson si trasferisce a Londra e per ripartire sceglie il teatro. In seguito alla positiva esperienza delle opere teatrali “What the night is for” e “The Sweetest Swing in Baseball” in cui viene acclamata da pubblico e critica, nel corso degli anni successivi Gillian decide di prendere parte a film a basso budget, lontani dai fasti di Hollywood, che vedono crescere il suo talento e la sua capacità di scrollarsi totalmente di dosso l’ingombrante personaggio di Dana Scully.
Nel 2005 Gillian partecipa ad una serie tv prodotta dalla rete televisiva inglese BBC, Bleak House, la cui storia è tratta dall’omonimo racconto di Charles Dickens, ed interpreta il ruolo di Lady Dedlock per cui viene elogiata, di nuovo, da critica e pubblico. Dopo aver interpretato una piccola parte nel film candidato all’Oscar L’ultimo Re di Scozia, arriva finalmente per lei un ruolo da protagonista nel disturbante e discusso Straightheads. In quest’ultimo film Gillian Anderson interpreta una donna che reagisce con la vendetta ad una violenza subìta. Lontana ormai anni luce dalla sua Scully, Gillian fornisce qui una prova molto intensa soprattutto nelle scene più drammatiche.
Durante questi anni Gillian Anderson intensifica la sua attività di beneficenza ed affianca alla campagna per la lotta contro la neurofibromatosi, che già la vedeva impegnata in prima linea da diverso tempo, altre iniziative a sostegno di persone meno fortunate. Il suo sito ufficiale diventa il punto di riferimento per i suoi ammiratori. Tramite la rubrica Ask Gillian e messaggi pubblicati nello spazio delle news, l'attrice si tiene in contatto con i fans, nel primo caso rispondendo alle domande che le vengono poste e nel secondo raccontando un po' di sè e delle sue attività lavorative.

David Duchovny rimane invece negli Stati Uniti e negli anni che seguono la fine di X-Files partecipa a diversi film, in maggioranza commedie, che però non riescono mai a lanciare definitivamente la sua carriera di attore nel panorama cinematografico.
Nel 2004 David produce House of D, film mai arrivato in Italia, che lo vede impegnato in veste di autore, regista ed interprete. La storia, a tratti autobiografica, narra di un ragazzino di New York che si ritrova a dover crescere senza un padre e con una madre morta nell’animo dopo la perdita del marito. David Duchovny realizza un film maturo, divertente e commovente allo stesso tempo, che fa pensare a quanto l’attore sia stato fino a quel momento sottovalutato.
È solo nel 2007 che David decide di tornare in televisione, anche lui come Gillian, per una nuova serie prodotta dal canale televisivo americano Showtime dal titolo Californication. In questa serie David Duchovny interpreta lo scrittore Hank Moody, newyorkese di nascita e trasferitosi a Los Angeles per seguire la trasposizione cinematografica del suo libro “God Hates Us All”. Il suo racconto viene però stravolto, la relazione con la compagna Karen si spezza ed Hank si perde. È proprio grazie a questo lavoro che David si aggiudica il secondo Golden Globe della sua carriera.

Chris Carter sparisce dal panorama televisivo e di lui non si hanno praticamente più notizie. Il creatore di X-Files si prende un lungo periodo di riposo che impiega soprattutto viaggiando. Frank Spotnitz rimane invece nell'ambiente e tramite la neonata BigLight, la sua casa di produzione, si occupa in qualità di autore e produttore di due serie televisive, mai arrivate in Italia, Robbery Homicide Division e Night Stalker. Quest'ultima rappresenta un trasposizione odierna della famosa serie The Night Stalker, andata in onda negli anni '70, a cui Chris Carter e lo stesso Frank Spotnitz hanno spesso dichiarato di essersi ispirati per la creazione delle storie raccontate in X-Files.

Durante questo periodo di tempo, le voci di un possibile secondo film di X-Files tornano a farsi sentire periodicamente. I fan di tutto il mondo nell’attesa iniziano ad organizzare iniziative di supporto a questo progetto, mai realmente partito, mentre in televisione sempre più telefilm citano liberamente, o attingono spunti ed idee, proprio da X-Files.

Nonostante la volontà di tutti i protagonisti, attori ed autori, di tornare a lavorare insieme, il progetto rimane comunque bloccato.

Durante il mese di Gennaio del 2007 la causa tra Chris Carter e la Fox si risolve. Lo studio contatta quindi Chris Carter chiedendogli se è ancora interessato a riprendere in mano il progetto del secondo film di X-Files.

"Adesso o mai più..."