Nel Novembre del 2001 debutta sugli schermi USA la nona e - per molto tempo - ultima stagione di X-Files.
Chris Carter, Frank Spotnitz, John Shiban e Vince Gilligan continuano a lavorare come autori, con Kim Manners che si occupa frequentemente della regia (così come nel corso dell’ottava stagione), ma altrimenti la troupe dietro le quinte cambia. È convinzione di Chris Carter che “ci siano altre storie ancora da raccontare” e la serie possa continuare per un altro anno. La sigla di apertura viene dunque riprogettata per la prima volta dopo nove anni per dare risalto ai nuovi attori, Robert Patrick e Annabeth Gish, con Gillian Anderson, insieme a Mitch Pileggi, che viene finalmente inserito nei titoli.

Nel doppio episodio di apertura Nothing important happened today la storia riprende 48 ore dopo gli eventi che avevano concluso la stagione precedente. L’agente Doggett è impegnato nella sua inchiesta che vede al centro il vicedirettore Kersh, presunto cospiratore insieme a Knowle Rohrer. Al suo fianco troviamo l’agente Monica Reyes, stabilmente assegnata all’ufficio degli X-Files. Con Scully assegnata a ricoprire il ruolo di insegnante ai cadetti all’accademia di Quantico, si forma così una nuova coppia di agenti al comando degli X-Files, con Doggett che continua a ricoprire il ruolo dello scettico e del razionale, mentre Monica Reyes indaga sui casi con la sua “mente aperta”. Viene introdotto anche il nuovo personaggio del vicedirettore Brad Follmer (interpretato da Cary Elwes). Personaggio dagli atteggiamenti ambigui, sembra prima intenzionato ad aiutare la sua vecchia fiamma Monica Reyes, per poi dimostrarsi in aperto contrasto con le indagini relative agli X-Files. Non viene mai rivelato quanto Follmer sia coinvolto nella cospirazione, ma viene insinuato, in pieno stile X-Files, che abbia avuto in passato un ruolo determinante nel rapimento e nell'omicidio del figlio di John Doggett, Luke.

Robert Patrick ed Annabeth Gish hanno l’ingrato compito di “tentare” di sostituire i loro illustri predecessori come personaggi protagonisti di questa stagione. Gli attori scelti da Chris Carter sono certo di qualità e la loro interpretazione risulta eccellente anche quando si trovano a dover scavare a fondo nelle emozioni dei loro personaggi. Non cadono nell’errore di imitare la coppia che li aveva preceduti e quindi danno vita a due interpretazioni molto ben costruite. Come le precedenti stagioni, anche questa viene prodotta con standard qualitativi sempre molto alti, uso di effetti speciali a livello di produzioni cinematografiche ed alterna episodi mitologici con standalone divertenti e “mostri della settimana”. Da registrare, nell’episodio Improbable la prima vera “guest star” in nove anni di produzione della serie: Burt Reynolds, grande fan di X-Files, che interpreta il ruolo di Mr. Burt.

Nonostante tutto, però, è come se mancasse sempre qualcosa.
Mulder e Scully.
David Duchovny e Gillian Anderson.
Gli X-Files sono Mulder e Scully, e senza di loro, questa stagione, seppur con tutti i suoi pregi, sembra non decollare mai e rimane tra quelle meno sentite da molti fan.

All’inizio della serie, Doggett scopre che Mulder se ne è andato lasciando soli Scully e il bambino. Scully però non chiarisce i motivi della partenza di Mulder, ma chiede con insistenza a Doggett di lasciar perdere l’inchiesta che sta portando avanti.

La mitologia della nona stagione si sviluppa intorno al concetto dei supersoldati ed al bambino di Scully. Il sospetto che la sua gravidanza sia stata manipolata da esperimenti genetici alieni che avevano lo scopo di produrre un essere umano senza difetti, viene sostenuto da alcuni eventi apparentemente scatenati dal piccolo William (ad esempio la giostra sopra la culla del bambino che si muove da sola). Questo convince Scully a continuare ad indagare per arrivare alla verità. Nel doppio episodio mitologico Provenance / Providence entrambi scritti da Chris Carter e Frank Spotnitz, William viene rapito da una setta i cui adepti sono convinti che il bambino rappresenti una minaccia in quanto senza l'aiuto di suo padre, creduto morto, potrebbe aiutare gli alieni a colonizzare il mondo, visto le sue incredibili, e fino a quel momento inspiegabili, capacità. Scully riesce a salvare suo figlio, ma l’improvviso ritorno di Jeffrey Spender getta una nuova luce sui poteri di William. Nell’episodio William scritto e diretto da David Duchovny, Scully è sempre più convinta di non essere in grado, da sola, di proteggere il suo bambino e prende così una decisione estremamente dolorosa ed inaspettata.

La stagione termina con il doppio episodio dal titolo The Truth diretto da Kim Manners e scritto da Chris Carter. In questo episodio vediamo finalmente il ritorno di David Duchovny nei panni di Mulder, e come ha più volte ripetuto Gillian Anderson “non sarebbe stato lo stesso finire senza di lui”.
Nella tradizione di X-Files, Carter ha previsto un finale aperto anche per l’ultima delle sue storie. Nonostante fosse a conoscenza del fatto che la serie avrebbe chiuso, rimane sempre convinto che non si può spiegare l’inspiegabile al pubblico intelligente di X-Files.

Mulder e Scully sono di nuovo insieme, fianco a fianco come un tempo. Mulder viene catturato ed accusato dell’omicidio di Knowle Rohrer, processato da un tribunale militare e condannato a morte. Grazie all’aiuto di Skinner, Doggett, Reyes e dell’innaspettato Kersh, Mulder riesce a scappare dal carcere in cui viene trattenuto per fuggire via insieme a Scully, in cerca di un modo per sconfiggere quella verità a lungo cercata e di cui adesso è a conoscenza.

L’episodio termina con una scena tra Mulder e Scully, chiaro omaggio al Pilot, che per molti anni rimarrà l'ultima immagine della serie vista in televisione. I due si trovano nella stanza di un motel, a Roswell in Nuovo Messico, per l’ultimo confronto di idee. Mulder e Scully hanno subito un’evoluzione, sono cambiati nel corso di dieci anni passati insieme ad indagare, le loro posizioni totalmente contrapposte all’inizio adesso hanno raggiunto un punto di incontro.

Adesso credono nella stessa cosa.