L’ottava stagione si apre con il doppio episodio Within / Without in cui Scully e Skinner iniziano la ricerca di Mulder. Il neo-promosso condirettore Kersh appronta una task force che ha il compito di cercare lo scomparso agente Mulder e relega Scully e Skinner al ruolo di semplici testimoni nel corso delle indagini. Il suo punto di vista è chiaro, chiunque parli di alieni e navi spaziali verrà immediatamente espulso dall’FBI. A capo della task force troviamo l’agente John Doggett (interpretato da Robert Patrick), che affiancherà Scully agli X-Files nel proseguimento di tutta la stagione otto.

Solo Skinner conosce il segreto di Scully, e per tutto il corso della stagione otto, negli episodi mitologici ci si interroga sull’origine della gravidanza di una donna dichiarata sterile e sulla salute del bambino che porta in grembo.

Doggett, un ex poliziotto di New York totalmente estraneo a concetti come alieni e paranormale, affianca Scully agli X-Files. In questa stagione i ruoli si invertono. L’evoluzione del personaggio di Scully è completa, adesso è disposta a credere, mentre l’agente Doggett recita il ruolo dello scettico.

Con David Duchovny impiegato a mezzo servizio nel corso della stagione, gli episodi da “mostro della settimana” raccontano le indagini della nuova coppia di agenti. Doggett “eredita” in qualche modo il ruolo della “prima Scully” che si trova a dover indagare su fenomeni che non riesce mai a spiegare del tutto scientificamente o razionalmente. “Gliel’ho detto di ampliare le sue vedute” dice Scully a Doggett in Badlaa. Nonostante i due agenti lavorino insieme, all’inizio Scully non si fida di Doggett in quanto crede che le sia stato messo accanto da Kersh al solo scopo di invalidare tutto il lavoro di Mulder e chiudere gli X-Files. Il tema della gravidanza di Scully è più o meno presente in ogni episodio di questa stagione, e non solo in quelli che trattano lo sviluppo della mitologia.

Un nuovo informatore, Knowle Rohrer (interpretato da Adam Baldwin) viene utilizzato dagli autori per introdurre il nuovo arco della mitologia, quello dei supersoldati che verrà ampliamente sviluppato nel corso della nona stagione. Rohrer fornisce alcune indicazioni a Doggett, il quale comprende solo in un secondo momento che non può più fidarsi del suo vecchio amico che lavora nei servizi segreti.

Nella parte finale della stagione, ricompare il personaggio di Jeremiah Smith (visto in Talitha Cumi) l’alieno con poteri di guarigione, che però nulla può fare quando Mulder viene ritrovato morto in un campo, perché viene a sua volta rapito. Mentre la gravidanza di Scully si trova quasi allo stadio finale, viene ritrovato in mare e portato in salvo Billy Miles, rapito nel finale della stagione sette poco prima di Mulder. Il caso di Billy porta Skinner a credere che Mulder non sia morto in realtà, ma che si trovi in uno stato “indotto” nel quale sembra che le sue funzioni vitali non siano attive. Mulder viene curato con un vaccino che Doggett contribuisce a trovare, ma anche Billy Miles esce dal suo stato “rigenerato come un uomo nuovo”. Un uomo che non può essere fermato e non può essere ucciso, un nuovo “tipo” di alieno, un super soldato.

Il doppio episodio finale Essence / Existence ci porta direttamente al parto di Scully ed al tentativo di queste nuove “forze” di rapire il bambino. Compare nella serie per l’ultima volta (escluso il finale della nona serie) il personaggio di Alex Krycek, che prima salva Mulder e Scully, protegge Scully da Billy Miles, tenta di uccidere Mulder, ma alla fine deve soccombere alla rabbia di Skinner. In una località remota della Georgia, Scully riesce a partorire con l’aiuto dell’agente Monica Reyes (interpretata da Annabeth Gish, che aveva in precedenza partecipato alla ricerca di Mulder scomparso), sotto la minaccia di un folto gruppo di alieni pronti a prendere il bambino, in una scena finale messa in contrapposizione con un inseguimento al cardiopalma che avviene nel garage degli uffici federali a Washington.

L’ultima scena negli uffici del vicedirettore Kersh, introduce direttamente la nona stagione, con Doggett che assegna l’agente Reyes all’ufficio degli X-Files, e Kersh messo sotto inchiesta da Doggett stesso per la sua presunta collaborazione con Rohrer ai danni di Mulder e Scully.

L’episodio termina con quella che Kim Manners, regista del finale, definisce come “la scena che tutti i fan aspettavano da otto anni”. Mulder e Scully, con il loro bambino William, che affrontano quella verità che ormai non possono più negare.