Inizialmente X-Files dovette combattere per ottenere un buon riscontro in termini di ascolti.
In mancanza di un piano a lungo termine, l'unica linea guida fornita agli autori da Chris Carter era che lo serie avrebbere dovuto svolgersi "entro il regno delle possibilità estreme". La prima stagione sfornò così numerose storie standalone (non facenti parte del racconto della mitologia) che coinvolgevano mostri, e anche diversi insabbiamenti alieni/governo, con nessun apparente collegamento tra loro - come il verme spaziale artico in Ice e la cospirazione delle gemelle modificate geneticamente in Eve.
Carter stesso scrive Space, una storia a basso budget riguardante la manifestazione di una sorta di fantasma alieno nel programma dello shuttle spaziale della NASA. L'episodio finì però per diventare il più dispendioso della prima stagione ed in seguito Carter lo definì come una delle cose peggiori mai prodotte per la serie.

Glen Morgan dichiarò che gli autori furono spinti da una recensione del New Yorker, in cui veniva sottolineata l'esplorazione della "paranoia suburbana" della serie, a pianificare una maggiore unità tematica nella seconda stagione: "l'intero anno fu dedicato ai piccoli omini verdi che voi ed io abbiamo creato per noi stessi... perchè non ci sono missili nucleari puntati sulle nostre teste, non puoi più consolidare le tue paure."
Tuttavia, il piano venne abbandonato abbastanza presto a causa delle pressioni del network. Alla fine della prima stagione, Carter e il suo staff avevano però tracciato molti dei concetti generali della mitologia, che si sarebbe sviluppata poi nel corso di nove stagioni, i cui contorni appaiono per la prima volta nel finale di stagione The Erlenmeyer Flask, nominato agli Edgars Award, scritto nei primi del '94 prima ancora di sapere se la serie sarebbe stata cancellata. In questo episodio gli X-Files vengono chiusi e Mulder e Scully vengono assegnati ad altri compiti. Il finale è stato il primo episodio diretto da R. W. Goodwin, produttore e marito di Sheila Larken (che interpreta la madre di Scully nella serie) che nei quattro anni successivi diresse tutti gli episodi di apertura e di chiusura di stagione.

X-Files venne rinnovato per una seconda stagione nonostante fosse finito al numero 102 (su 118 serie) nelle classifiche di gradimento Nielsen degli USA. Ricevette anche il suo primo Emmy, per la miglior sigla iniziale. Il brano a tema elettronico composto da Mark Snow divenne poi molto conosciuto in tutto il mondo (versioni per discoteche del brano entrarono nella classifica pop in Francia, in Gran Bretagna e Australia, dove una versione mixata da Triple X arrivò ad essere la numero 2 nella classifica del 1996). Le molte musiche di Snow per ciascun episodio, spesso cupe, sintetizzate ed ambientali, costituiscono un altro aspetto distintivo di X-Files fin dai primi anni, visto che la serie utilizza più musica di sottofondo di quello che normalmente fa un'ora di normale serie tv. Nel 1996 uscì un primo cd con la colonna sonora tratta dalla serie dal titolo The Truth and the Light

La serie è un mix di generi, la programmazione è stressante (24 o 25 episodi per stagione) e girare in posti differenti ogni settimana richiede una troupe con molta esperienza tecnica.
A Vancouver, sotto la supervisione del produttore Goodwin, ci sono almeno 300 persone. Lo stesso Goodwin definisce X-Files "la serie più difficile della televisione" e "l'equivalente di girare un film ogni otto giorni".
Il primo anno, i fondi stanziati si aggirano attorno al milione di dollari. Nel 1998, l'ultimo anno della serie a Vancouver, ogni episodio costava circa 2,5 milioni di dollari, la maggior parte dei quali non andavano ai salari delle star.
La troupe storica include il produttore Joseph Patrick Finn, che vinse due Emmy; l'addetta al montaggio Heather MacDougall, che lavorò su 51 episodi e vinse un Emmy per Kill Switch; il supervisore al montaggio nominato agli Emmy Stephen Mark, che si è anche occupato del film del 1998; il supervisore del suono Thierry Couturier, che vinse due Emmy ed il cui figlio pronuncia la frase "I made this" sul logo della Ten Thirteen Company; Matt Beck, supervisore degli effetti speciali (molti creati al computer, cosa insolita per la tv dei primi anni '90) per 91 episodi ed autore di Wetwired; il responsabile del makeup nominato agli Emmy Toby Lindala; ed il capo produzione Kenneth Hawryliw, che più tardi collaborerà alla scrittura di Trevor.