Il tema musicale della sigla è stato composto da Mark Snow.

La storia narra che Chris Carter avesse inviato al compositore una vasta serie di CD, con l'idea di fornire delle indicazioni su come voleva che il tema della serie fosse realizzato, dicendo cose del tipo “In questo mi piace la batteria, in questo la voce, qui la chitarra…”. A quel punto Mark Snow, che lavorava nello studio privato di casa sua avvalendosi dell’uso di alcuni sintetizzatori elettronici, si trovò nella confusione più totale non sapendo come uscire da quella situazione. È proprio Mark Snow a raccontare l'aneddoto seguente: La musica ed il video avrebbero dovuto rispecchiare questa nuova ed insolita prospettiva data dalla serie tv. La realizzazione del video venne affidata a Carol Johnsen, Bruce Bryant e Jim Castle. Il loro interesse pre-esistente per il paranormale portò ovviamente ad una relazione di lavoro simbiotica con Chris Carter. Ad esempio, successivamente Carter decise di inserire in un episodio di X-Files alcune fotografie scattate da Johnsen, Bryant e Castle che loro stessi avevano realizzato per un documentario riguardo le mutilazioni di bestiame.

L’idea originale della sigla di apertura prevedeva che la macchina da presa, e quindi lo spettatore, si avvicinasse lentamente a questo ufficio avvolto quasi totalmente nell’oscurità. Una volta dentro, sulle scrivanie, si sarebbero viste foto pseudo ufficiali dell’FBI, tesserini di identificazione e materiale vario proveniente da scene del crimine. Come spesso accade però, di tutte queste riprese che vennero realizzate, arrivarono nella sigla finale solo le inquadrature dei tesserini di Mulder e Scully.
Piccola curiosità da sottolineare: le firme sui tesserini sono state apposte rispettivamente da Carol Johnsen, per Dana Scully, e da Jim Castle, per Fox Mulder.

La sigla avrebbe dovuto includere delle immagini che rappresentassero delle icone del paranormale, ed ovviamente gli UFO erano in cima alla lista di quelle immagini. Bryant, Jonhsen e Castle si recarono nel nord dell’Arizona e Bryant girò l’equivalente di più di tre ore di pellicola, da un piccolo aeroplano, per realizzare delle riprese che dovevano assomigliare ad un qualcosa che fosse stato catturato da un video amatore. Queste riprese avrebbero dovuto costituire lo sfondo per il disco volante. Tornando verso l’aeroporto di Prescott, i tre si fermarono per strada per riprendere l’immagine di alcune nuvole al crepuscolo. Carol Jonhsen girò solo alcuni secondi prima di perdere la luce giusta. L’inquadratura di Bryant che indica quelle nuvole funzionava meglio delle tre ore girate in precedenza quella stessa giornata, e quindi venne inserita nel prodotto finale. Per realizzare l’UFO vero e proprio invece vennero usati due semplici piatti incollati insieme e ricoperti entrambi da una speciale vernice riflettente.

Una delle immagini più famose inserite nella sigla di X-Files è però la faccia distorta. I tempi di realizzazione erano molto stretti e la data del debutto era incombente. In preda alla disperazione, Bryant, Jonhsen e Castle organizzarono una sessione di casting molto veloce direttamente nei loro uffici. Lou Eske, uno dei loro operatori, vinse il titolo di migliore urlatore. In fase di montaggio fu lo stesso Chris Carter a chiedere “Possiamo allungargli la faccia?”.

In seguito, Bryant, Jonhsen e Castle hanno mantenuto un legame stretto con X-Files e sono stati chiamati frequentemente per modificare la frase “The Truth is out there” che appare nel cielo nell’ultima immagine della sigla.

La sigla realizzata da Bryant, Jonhsen e Castle rimase invariata per le prime sette stagioni della serie e contribuì sicuramente a definire l'anima di X-Files diventando uno dei motivi, musicali e visivi, più noti nel mondo della televisione.



L'introduzione di nuovi personaggi e nuove trame rendono necessarie alcune modifiche alla sigla nelle ultime due stagioni della serie "classica".
A causa della presenza di David Duchovny in solo undici episodi, la sigla dell'ottava stagione viene presentata in due versioni, con o senza il personaggio di Mulder. Le foto dei tesserini di Mulder e Scully vengono aggiornate e viene introdotto il nuovo personaggio di John Doggett, interpretato da Robert Patrick. Alcune delle classiche immagini che arrichiscono la sigla da sette anni vengono inoltre sostituite da altre riprese dai nuovi episodi che richiamano i temi principali della stagione.





La nona stagione porta aria di novità. Per la prima volta dalla sua composizione il tema musicale composto da Mark Snow, mai toccato fino a questo momento, viene rivisitato e aggiornato.
Mitch Pileggi si guadagna la presenza nei titoli di apertura, insieme al nuovo personaggio di Monica Reyes, intrepretato da Annabeth Gish.
Tutto viene rivisitato a partire dal logo della serie. Le immagini che avevano composto la sigla fino a questo momento vengono sostituite con altre che cercano di dare un'aria di nuovo alla serie, pur riprendendo i temi classici di X-Files.
Anche in questa stagione si rende però necessaria la realizzazione di due versioni della sigla data la presenza di David Duchovny nell'episodio finale.





La sigla originale viene ripresa nel corso della decima stagione della serie nel 2016. L'unica differenza rispetto all'originale è rappresentata dalla presenza nei titoli di testa del personaggio di Walter Skinner.



La sigla di X-Files vinse un premio Emmy nel 1994, il primo conquistato dalla serie.