Nelle prime due stagioni, il produttore esecutivo Carter ed i coproduttori Morgan e Wong, insieme con altri autori, definiscono la struttura dell'arco della storia della serie.
La "mitologia", come viene chiamata dai produttori, parte inizialmente come la storia del governo che vuole insabbiare tutto ciò che è riguarda l'esistenza della vita extraterrestre, ed i tentativi di Mulder di scoprire il destino di sua sorella Samantha. Egli crede infatti che sua sorella sia stata rapita dagli alieni alcuni anni prima, quando lui era solo un ragazzo. Questo drammatico episodio ha profondamente segnato il giovane Mulder e ha dato inizio alla sua ossessione per il paranormale.
Carter stesso scrive il secondo episodio della serie, Deep Throat, diretto da Daniel Sackheim. Qui viene introdotto un personaggio chiamato appunto Deep Throat (in italiano “Gola Profonda”, interpretato da Jerry Hardin), il primo di diversi informatori del governo che allo stesso tempo vogliono aiutare ed ostacolare le indagini di Mulder e Scully. Conduit, il primo di molti episodi che tratta dei ricordi repressi di Mulder relativi al rapimento di Samantha, è viene scritto da Howard Gordon e Alex Gansa. Gordon diverrà poi un altro autore/produttore chiave nei primi quattro anni della serie. Nella prima stagione si occupa anche di Fallen Angel e altri episodi, sempre con Gansa. Questo episodio è incentrato sugli inutili sforzi di Mulder di scoprire un UFO precipitato che è stato nascosto dal governo. Nella storia viene introdotta anche una vittima di rapimenti alieni, Max Fening, uno dei tanti personaggi eccentrici ritratti dalla serie che hanno avuto poi molto seguito. Questo personaggio infatti, interpretato da Scott Bellis, tornerà per due episodi nella quarta stagione. Ciò nonostante, "Fallen Angel" ricevette la valutazione più bassa degli indici Nielsen (l’Auditel degli U.S.A.) della prima stagione.

In quel periodo Carter e i suoi autori erano lasciati liberi di fare quello che volevano perchè il network si stava concentrando su un'altra serie che considerava commercialmente più promettente. Ciò nonostante i produttori erano ancora in contrasto su alcuni episodi chiave, tra questi Beyond the sea, E.B.E. ed il popolare Ice. Alla fine i dirigenti della Fox cedettero e fu deciso che le storie di X-Files non avrebbero forzato la risoluzione della trama, ma sarebbero terminate con una soluzione intermedia che metteva d’accordo entrambe le parti: la voce sovrapposta di Scully mentre lei stila il rapporto sul caso appena concluso. In seguito Carter divenne entusiasta di questa trovata.

Doug Hutchison nel ruolo di Eugene Victor Tooms, un serial killer mutante divoratore di fegati che emerge dal suo letargo ogni 30 anni, in Squeeze, è stato il primo di molti "mostri della settimana".
Il primo episodio del duo Morgan e Wong, Squeeze, non appartiene alla mitologia di X-Files, ma l'influenza di questi due autori sull'arco mitologico della serie portò in seguito all'introduzione di molti personaggi popolari secondari che avrebbero continuato ad apparire per anni in episodi scritti da altri. Ad esempio, come la famiglia di Scully - il padre di Dana, William (Don S. Davis), la madre Margaret (Sheila Larken) e la sorella Melissa (Melinda McGraw) – o il buffo trio dei Lone Gunmen (in italiano “Guerrieri Solitari”), chiamati così in seguito alla discussa teoria della commissione Warren riguardo l'assassinio di John F. Kennedy. Gli episodi iniziali di X-Files hanno come argomento principale i rapimenti alieni, ma l'intenzione degli autori era quella di ampliare il concetto di X-Files. Squeeze diventa quindi un modello degli episodi sul "mostro della settimana" che avrebbero costituito un parte fondamentale di X-Files. Morgan e Wong produssero più tardi un seguito, scrivendo un episodio chiamato Tooms. Questo è anche l'episodio in cui l'Uomo che Fuma pronuncia la sua prima battuta e viene introdotto il personaggio del vicedirettore Walter Skinner (Mitch Pileggi), il superiore di Mulder e Scully. Nonostante nella prima stagione questo sia un personaggio di secondo piano, l'importanza del ruolo di Skinner nella storia della serie si evolverà nelle stagioni seguenti, finchè non diventerà parte integrale della trama di X-Files.