#6X01 The Beginning - Il principio

Mulder e Scully vengono portati davanti al consiglio di revisione per giustificare il loro ri-assegnamento agli X-Files. Il consiglio ha bisogno di prove scientifiche di vita extraterrestre. Mulder sostiene che le prove ci sono tramite Scully, che è stata precedentemente infettata da un virus alieno. Quando Scully rimane vaga su questa infezione, il consiglio dà loro un ultimo avvertimento - trovare delle prove concrete o altro. 

Di nascosto, il vicedirettore Skinner dà a Mulder un'indicazione su uno strano caso in Arizona che potrebbe fornirgli le prove di cui ha bisogno. Sulla scena del crimine Mulder teorizza che la vittima sia stata infettata da un virus alieno e che questo virus alla fine abbia prodotto un'entità biologica extraterrestre. L'entità quindi ha lacerato il torace del vittima dall'interno per poter nascere.

Nel frattempo, il Consorzio è preoccupato che questa "situazione" sia venuta alla luce. L'Uomo che Fuma assicura i membrei che Consorzio che si occuperà del problema. Porta Gibson Praise, il giovane prodigio del gioco degli scacchi, sulla scena del crimine nella speranze che possa trovare la creatura.

Gli agenti vengono attirati presso un vicino impianto nucleare dove è avvenuto un altro assassinio. Lì incontrano gli agenti Spender e Fowley che negano a Mulder l'accesso alla scena del crimine. Quando Mulder e Scully ritornano alla loro macchina, trovano Gibson nascosto nel sedile posteriore. 

Mulder vuole usare il bambino per trovare la creatura aliena, ma Scully lo dissuade, spiegandogli che Gibson è la prova scientifica che Mulder sta cercando. Praise può corroborare tutto ciò che Mulder afferma. Scully dice a Mulder che Gibson ha bisogno di cure mediche e proprio mentre stanno per portarlo all'ospedale, arriva l'agente Fowley. Scully si reca all'ospedale con Gibson, mentre Mulder e Fowley si recano all'impianto per trovare la creatura. 

All'impianto Mulder e Fowley trovano le prove che l'alieno si trova in quel posto. Mulder chiama Scully all'ospedale per dirglielo; lei invece rivela a Mulder che Gibson ha delle tracce del virus alieno nel suo corpo - e in qualche modo, è in parte extraterrestre. Mentre l'attenzione di Scully viene sviata, un Uomo dai Capelli Neri rapisce Gibson e lo porta con sè all'impianto per distruggere l'alieno. Mulder raggiunge Gibson e l'Uomo dai Capelli Neri, ma è troppo tardi. Si sono rinchiusi all'interno della stanza del reattore. Mulder guarda senza poter far nulla l'alieno mentre uccide l'Uomo dai Capelli Neri. L'alieno si rivolta contro Gibson proprio mentre scattano gli allarmi dell'impianto e gli agenti dell'FBI arrivano nell'area. Fowley, che ora sembra essere dalla parte di Spender, avvicina Mulder e gli ordina di andarsene. 

Di nuovo davanti al consiglio di revisione, il comitato ordina a Mulder e Scully di cessare ogni associazione con gli X-Files. Vengono messi alla prova e viene detto loro di fare rapporto ad nuovo capo, il vicedirettore Kersh.  Attori Protagonisti
DAVID DUCHOVNY - Agente Speciale Fox Mulder
GILLIAN ANDERSON - Agente Speciale Dana Scully

Attori Co-Protagonisti
Mitch Pileggi - Vicedirettore Walter Skinner
Mimi Rogers - Agente Diana Fowley
William B. Davis - Uomo che fuma
Chris Owens - Agente Spender
Jeff Gulka - Gibson Praise
George Murdock - Secondo Anziano
Don S. Williams - Primo Anziano 
Kim Robillard - Operaio (Homer)
Rick Millikan - Sandy
Wayne Alexander - Vicedirettore Arnold
Arthur Taxier - Vicedirettore Bart
Wendie Malick - Vicedirettore Maslin
James Pickens, Jr. - Vicedirettore Kersh
Scott Eberlein - Uomo dai capelli scuri 

Trasmesso la prima volta in TV
08/11/98
21/03/99

• Durante un'intervista con il LA Times (del 28 agosto 1998), Chris Carter ha spiegato che la prima cosa che appare all'inizio dell'episodio è una ripresa del sole. La camera poi passa ad inquadrare la linea del deserto -- una scena che non sarebbero mai stati in grado di girare a Vancouver. Carter disse che le immagini di apertura erano uno "strizzare l'occhio al pubblico per far capire che ora siamo nella terra del sole".
• Il nuovo capo di Mulder e Scully, Kersh, prende il suo nome da alcuni personaggi (Dr. Kersh e Anton Kersh) di uno dei film preferiti di Chris Carter, "Vampire Circus" del 1971
• "Homer", l'operaio che schiaccia un pisolino all'impianto nucleare è un riferimento al papà dei "Simpson", Homer Simpson.
• Il vicedirettore Maslin deve il nome al critico del New York Times Jane Maslin, e il vicedirettore Bart al critico di Variety Peter Bart. Entrambi hanno recensito il film di X-Files -- più o meno nello stesso modo in cui i due vicedirettori si rivolgono a Mulder e Scully -- usanto alcune delle frasi dette dai giornalisti!)
• Sandy, l'impiegato della Roush,è interpretato dal direttore del casting Rick Millikan.

Bye Bye Birdie
di Lee Adams

Put On A Happy Face
di Charles Strouse

Phoenix, Arizona

FBI Headquarters - Washington, D.C.

New York City

Rolling Hills - Nuclear Power Plant - 60 Miles East of Phoenix

Camelback View Motel

Phoenix Samaritan Medical Center

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