Gli agenti Fowley e Mulder hanno avuto una lunga storia insieme. Uscivano insieme ai tempi in cui Mulder aveva lasciato l'Accademia di Oxford per entrare nell'FBI, ed insieme hanno fondato gli X-Files. Lei ha troncato la relazione per assumere un incarico in Europa per indagare segretamente sui rapimenti alieni.
La sua preparazione in parapsicologia le ha permesso di prendere parte alle indagini sul giovane Gibson Praise in #5X20 The end - La fine. Comunque, la sfiducia di Scully nei suoi confronti viene confermata quando Mulder scopre, nell'episodio #6X12 One Son - Un Figlio, che Diana lavora in collaborazione con l'Uomo che Fuma.
Viene assegnata a riaprire gli X-Files con l'agente Jeffrey Spender e continua ad ostacolare la ricerca di Mulder e Scully per la verità.
Per mettersi a posto con la coscienza, Diana aiuta Scully a salvare Mulder dopo che era stato sottoposto ad un'operazione in cui il suo DNA alieno era stato trasferito nel cervello dell'Uomo che Fuma. Scully è addolorata quando riferisce a Mulder che Diana è stata trovata morta.
#5X20 The end - La fine
#6X11 Two Fathers - Due Padri
#6X12 One Son - Un Figlio
#6X22 Biogenesis
#7X02 The Sixth Extinction: Amor Fati - La sesta estinzione II
X-FILES I PERSONAGGI
- Fox Mulder
- Dana Scully
- John Doggett
- Monica Reyes
- Walter Skinner
- Uomo che Fuma
- Alex Krycek
- Lone Gunmen
- Brad Follmer
- Cassandra Spender
- Marita Covarrubias
- Mr. X
- Gola Profonda
- Uomo Distinto
- Alvin Kersh
- Senatore Matheson
- Jeffrey Spender
- Diana Fowley
- Micheal Kritschgau
- Samantha Mulder
- Bill Mulder
- Teena Mulder
- Melissa Scully
- William Scully
- Margaret Scully
- William / Jackson Van De Kamp